O Ministério Público optou por levar ao Tribunal do Júri os quatro principais acusados no episódio, que responderão por homicídio doloso qualificado –  em que a pessoa assume o risco por sua atitude, mesmo sabendo que a conduta pode resultar em morte e por ser qualificado há ainda o aumento da pena. Os quatro principais acusados são: os sócios-proprietários da Boate Kiss, Elissandro Calegaro Spohr e Mauro Londero Hoffmann; o vocalista da banda Gurizada Fandangueira, Marcelo de Jesus dos Santos; e o produtor e auxiliar de palco do grupo musical, Luciano Augusto Bonilha Leão.

O MP entendeu que os proprietários e os músicos assumiram o risco de produzir o resultado, mesmo que não tivessem a intenção de que o incêndio ocorresse. Músicos e proprietários responderão por homicídio doloso com duas qualificadoras: asfixia e motivo torpe. O motivo torpe se deve ao fato de que o fogo de artifício adequado para o uso interno estava à disposição no momento da compra, apesar do preço 20 vezes mais alto.

Também foram denunciados, por fraude processual e falso testemunho, os bombeiros Gerson da Rosa Pereira e Renan Severo Berleze; o ex-sócio da Kiss Elton Cristiano Uroda e Volmir Astor Panzer, funcionário do pai de Elissandro Spohr, Eliseo Jorge Spohr. Segundo a denúncia do MP, os integrantes do Corpo de Bombeiros cometeram crime de fraude processual ao encaminhar à Polícia Civil documentos que não constavam originalmente no Plano de Prevenção contra Incêndio (PPCI) da Boate Kiss e foram obtidos e autenticados após a tragédia. Elton Uroda e Volmir Panzer cometeram falso testemunho ao afirmar perante a autoridade policial que Eliseo Spohr não era sócio da casa noturna, quando na verdade há indicativos de que ele seja, embora não apareça no contrato social. O MP aguarda investigação da polícia em relação ao pai de Elissandro.

As acusações diferem dos indiciamentos feitos pela Polícia Civil. Segundo o MP, dois bombeiros indiciados pela polícia por homicídio doloso devem responder por homicídio culposo – quando não há intenção de matar – na Justiça Militar: Gilson Martins Días e Vágner Guimarães Coelho, bombeiros responsáveis pela fiscalização.

Três inquéritos sobre três pessoas receberam pedido de arquivamento, ou seja, elas não responderão na Justiça: Ricardo de Castro Pasche, gerente da boate; Luiz Alberto Carvalho Junior, Secretário Municipal do Meio Ambiente; e, Marcus Vinícius Bittencourt Biermann, chefe do Setor de Cadastro da Secretaria Municipal de Finanças, que emitiu o Alvará de Localização da boate.

O MP pede novas investigações para apurar as responsabilidades de Ângela Aurélia Callegaro, gerente da boate e irmã do dono do estabelecimento, Elissandro Spohr; de Marlene Teresinha Callegaro, sócia e mãe de Elissandro; de Miguel Caetano Passini, secretário municipal de Controle e Mobilidade Urbana; e de Beloyannes Orengo de Pietro Júnior, superintendente de Fiscalização da Secretaria Municipal de Controle e Mobilidade Urbana.

Assim como a polícia, o MP afirma que a tragédia foi uma soma de fatores que levaram ao incêndio e às mortes. Os promotores analisaram 13 mil páginas produzidas pela polícia durante as investigações.