Filho de Germano Niehues e Teresa Rohden Niehues e nascido em São Ludgero em 23 de agosto de 1914, Afonso Niehues chegou em Azambuja, com o padre Jaime de Barros Câmara e 15 colegas seminaristas, na noite de 20 para 21 de abril de 1927. Logo foi escolhido líder da turma.

Estudou filosofia em Azambuja e teologia em Roma, onde foi ordenado padre em 16 de abril de 1938. Em 1940, foi nomeado professor e prefeito de disciplina em Azambuja. No ano seguinte, ocupou o cargo de vice-reitor. Em 1943, foi escolhido como primeiro reitor do pré-seminário de São Ludgero.

Em 1947, assumiu a reitoria do seminário de Azambuja. Adaptou a vida seminarística aos novos tempos preconizados pelo papa Pio XII, que estabelecia uma formação mais aberta para a realidade. Do Cônego Catedrático (1948) e Monsenhor Camareiro Secreto (1953) e reitor do Seminário de Azambuja Afonso Niehues é que nasceu a ideia da construção do Morro do Rosário, Bar, Almoxarifado e Edifício do Peregrino em Azambuja. Como Cura, concluiu as obras do novo Santuário Nossa Senhora de Azambuja.

Dom Afonso participou de todas as sessões do Concílio Ecumênico Vaticano II

Foi eleito, em 10 de janeiro de 1959, bispo coadjutor com direito à sucessão do bispo de Lages, Dom Daniel Hostin, ocorrendo a sagração episcopal em 5 de abril de 1959, no Santuário de Azambuja, tendo por lema episcopal Ite in Vineam (Ide para a Vinha). Foi o principal sagrante de Afonso Niehues o arcebispo metropolitano Dom Joaquim Domingues de Oliveira. Seu padrinho de sagração foi o industrial Carlos Cid Renaux. Dom Afonso foi empossado na Catedral de Lages, em 7 de maio do mesmo ano.

Dom Afonso participou de todas as sessões do Concílio Ecumênico Vaticano II. Inaugurado em 11 de outubro de 1962 pelo papa João XXIII, o Concílio foi realizado em quatro sessões, e finalizado pelo papa Paulo VI, no dia 8 de dezembro de 1965, solenidade da Imaculada Conceição.

Em 14 de agosto de 1965 foi nomeado arcebispo coadjutor com direito à sucessão do arcebispo de Florianópolis e empossado em 30 de dezembro do mesmo ano. Introduziu na Arquidiocese de Florianópolis o Diaconato Permanente, com a ordenação do diácono Eduardo Mário Tavares, autor da letra do Hino de Brusque.

Papa João XXIII em diálogo com Dom Afonso Niehues em outubro de 1962, primeira Sessão do Concílio do Vaticano II / Acervo Pe. José Artulino Besen

Promoveu a criação de 22 Paróquias e de um Curato. Para aperfeiçoar o Governo Arquidiocesano, criou duas assessorias: o Conselho Presbiteral e o Conselho Econômico. Dinamizando a atuação da Igreja, criou organismos para a Catequese, Liturgia, Música Sacra, Vocações e Seminários, Estatística e Pesquisa Histórica e de Comunicação.

Dentre centenas de iniciativas, criou o Arquivo Histórico e Eclesiástico de Santa Catarina, a Ação Social Arquidiocesana (ASA) e a Biblioteca do Arcebispado. Também de sua iniciativa a criação do Secretariado Arquidiocesano de Pastoral, da Equipe Central de Pastoral e do Conselho Arquidiocesano de Pastoral. Preocupado com o amparo aos sacerdotes idosos, criou o Instituto de Previdência do Clero (IPREC).

Em 1979, foi eleito pelos bispos do Brasil como um dos representantes do Episcopado na Conferência de Puebla, no México, com a participação do papa João Paulo II. Em 23 de janeiro de 1991, a Santa Sé aceitou o pedido de renuncia de Dom Afonso Niehues por motivo de idade, conforme preconiza o Direito Canônico.

Deixou Florianópolis em março do mesmo ano, passando a residir no Seminário de Azambuja, local onde sempre residiu seu afeto e zelo de pastor. Faleceu em Brusque, durante retiro do Clero na Casa de Retiros Padre Dehon, na noite de 30 de setembro de 1993. Foi sepultado na Catedral Metropolitana de Florianópolis.